Nace como una sede episcopal durante la época visigótica (obispo Just, 527-47), y se mantuvo durante la invasión musulmana. Su transferencia al dominio franco se debió producir hacia el 785 y poco después fue arrasada por las tropas de Abd al Malik (probablemente el 793) al volver de la incursión en Septimania.

La reconstrucción y el repoblamiento de la ciudad destruida dió lugar a la formación de dos núcleos de población distintos: la antiga civitas, renacida alrededor del castrum o sea la fortaleza de defensa, y el vicus Urgelli, suburbio civil surgido alrededor de la catedral de Santa María, consagrada en el 839. El primer núcleo, Castellciutat, pasó a ser la residencia habitual de los condes de Urgel hasta su traslado de la capitalidad a la ciudad de Agramunt y a Balaguer (1105); el segundo núcleo, se convertió en el centro del obispado.

En el 988 el conde Borrell II de Barcelona-Urgel, en virtud de una permuta de bienes situados en la Cerdanya y el Berguedà, cedió sus derechos dominicales sobre la Seu al obispo Sal·la y a sus sucesores. Los siglos XI y XII marcan la época de mayor esplendor de la ciudad episcopal, con la construcción de una nueva catedral, iniciada por el obispo Ermengol (1010-35) y consagrada por Eribau (1036-40).