La referencia más antigua de esta iglesia es su consagración en el 1123 por el bisbado de Roda, Ramon Guillem en el 10 de diciembre. Parece que originariamente la construcción de esta iglesia, juntamente con la de Santa Maria ysant Martí por parte de los barons de Erill, era crear un núcleo monástico. Este proyecto tuvo éxito ya que se convirtieron en parroquias. La co-parroquialidad (Santa Maria ySant Climent) viene confirmada con la visita papal del 1373, en la que aparecen dos vicarios, que eran escogidos anualmente entre los co-rectores.

El edificio tiene una planta basilical de tres naves acabadas con tres ábsides semicirculares diferenciadas a partir de unos arcos presbiterales, las naves están cubiertas con una estructura de madera. Los arcos de medio punto que separan las naves se sustentan en una serie de tres pilares por banda, los dos sur se encuentran el pavimiento mientras que los del norte se elevan desde una pequeña base.

(1) Cabecera con ábside central y dos absidiolas (2) Nave central (3) Naves laterales (4) Campanario (5) Puerta de acceso

El acceso se hace a través de una puerta de arco de medio punto que está en la fachada de poniente, inicialmente existía un porche que hoy en día resta desaparecido. En la fachada sur se conserva un muro de una construcción anterior, donde existían dos puertas. En las fachadas de las naves no se encuentra ninguna ventana, que tan sólo se concentran en el ábside una superior sobre la fachada este que da a las ábsides. En cada una de las tres ábsides aparece una ventana de doble derrame, mientras que el ábside central va acompañada por dos ojos de buey, una característica muy original. En la fachada externa del ábside central, en la parte inferior, hay tres ventanas a ras de suelo que no es vienen en el interior.

Respecto a la decoración, si bien las fachadas de las naves no presentan ningún elemento decorativo, el ábside y las absidiolas presentan los típicos elementos lombardos. Como pueden ser las arcuaciones ciegas delimitadas por lesenas, en este caso semicirculares coronadas por capiteles simples. Encima de las arcuaciones hay un friso con dientes de sierra.

Al sudeste de las naves se encuentra el campanario, tal vez el más espectacular de la vall formado per un zócalo y 6 niveles. El primer piso tiene ventanas de derrame recto. En el segundo nivel las ventanas son biforadas como en el cuarto, quinto y sexto, si bien el tercer nivel tiene ventanas triforadas. Todos los finestrales tienen columnas en forma de prisma con capitel mensulado. La fachada estaba decorada con cinco arcuaciones entre lesenas y frisos de dientes de sierra, seguramente estaba pintada ya que se han encontrado restos de rebozado.

El conjunto de pinturas de Sant Climent es uno de los más importantes del románico en Cataluña, hacia el año 1920 fueron adquiridas por la Junta de Museos, arrancadas y transportadas a Barcelona, donde se las puede ver en el Museu Nacional d'Art de Catalunya. En el ábside central se encuentra el Pantocrátor o Cristo en majestad dentro de una mandorla, con una mano que parece bendecir y la otra con un libro abierto con la inscripcíón EGO SUM LUX MUNDI (yo soy la luz del mundo). Al lado de esta figura central aparece el alfa y la omega griegas, la primera y última letra de su alfabeto, que vienen a significar el principio y final de todas las cosas.

Bajo en 4 círculos aparecen dos ángeles cogiendo las colas de dos animales simbólicos del tetramorfo, el león que simboliza a San Marcos y el toro a San Lucas. En los espacios triangulares que están entre la mandorla central, aparecen el resto de figuras del tetramorfo: las imágenes de San Juan con las alas del águila y la del ángel de San Mateo. A los dos lados aparecen dos serafines con las alas llenas de ojos, simbolizando la revelación. En todo el motivo aparecen inscripciones con los nombres de los pesonajes.

En lo que se refiere a la banda inferior del ábside central, hay representado un espacio arquitectónico con columnas y arcos que enmarcan las figuras del Colegio Apostólico: a lado y lado de la ventana respectivamente se sitúan la Madre de Dios y San Juan. A la derecha de la Virgen se encuentran las imágenes de San Bertomeo y San Tomás, y después de San Juan están San Jaime y San Felipe.

En el arco triunfal del ábside, se encuentra en un círculo con la mano de Dios y en el segundo arco la figura del 'Agnus Dei, el cordero de Dios. A los lados del ábside central aparecen temas bíblicos como Lázaro delante del juicio entre justos y pecadores.

También el ábside lateral presenta restos pictóricos con personajes, algunos de muy difícil interpretación. Finalmente en una de las columnas aparecía pintada la fecha de consagración de la iglesia:

En el año 2000 se restauraron los frescos conservados in situ: del ábside norte un perro atacado por otro animal, franjas decorativas y en el extrados del arco, a lado y lado, restos que corresponden a un pavo. En los pilares intermedios que separan el abside central de los ábsides norte y sud respectivamente figuran Sant Climent y Sant Corneli y en el abside central, en la franja central, Sant Pere.

En el verano del 2001 durante las tareas de restauración de los restos pictóricos conservados en Sant Climent se descubrieron pintures murales inédites: las figuras de Caín matando con una hacha a Abel, en el lado opuesto se ven los trazos que identifican a Abel realizando la ofrenda. En el segundo arco preabsidal se puede ver un fragmento de vestido en la parte superior y en la inferior una mesa parada, probablemente la del rico Epulón.

En la parte superior delante del abside central, actualmente cubierto en parte por una biga, se puede ver una figura con casco y tocando una gran trompa, la figura del lado opuesto se conserva en el MNAC. En el ábside central se puede contemplar la talla policromada restaurada de Sant Salvador, que había presidido el altar mayor, data del S.XIII. La imagen de una Madre de Dios con Infante del S.XIII actualmente se encuentra en proceso de restauración y será próximamente ubicada en Sant Climent.

También se puede ver en la iglesia una copia del banco de Sant Climent. El original se conserva en el MNAC, es de asiento triple, con cepillo y dosel. Los motivos que decoran el banco son muy variados: arcuaciones, ajedrezados, almenas invertidas, estrellas de seis puntas, ventanas en forma de herradura, motivos geométricos calados....La datación del banco se sitúa en el S.XII.

En la iglesia ses conservan tables que formaban parte de diferentes retablos: de Sant Antoni de Pàdua, de Santa Anna y de Sant Andreu, de tradición gótica tardía. Delante del altar se ha ubicado un frontal, el marco del cual conserva policromía románica, en la parte central, reutilizada siguiendo la tradición gótica, existe la imagen de Sant Climent. Se conservan dos frontales de altar, uno en el MNAC (núm de inventario 3 908), con escenas de la vida de Sant Climent, datado a finales del s.XIII. El otro etá en el Museu Episcopal de Vic (núm.de inventario 9 707), sólo conserva restos de la capa preparatoria y se conoce como del Santo Sepulcro. En el MNAC se conserva una lipsanoteca (núm. de inventario 37 927) de forma oval y con motivos decorativos geométricos y de peces.

La iglesia de Sant Climent fue declarada Monumento Histórico Artístico en el año 1931, el año 1991 fue declarado Bien de Interés Cultural. El 30 de noviembre del 2000, la Unesco declaró el conjunto románico catalán de la Vall de Boí Patrimonio de la Humanidad.